Contribuant au développement de la nouvelle danse française, il crée sa propre compagnie et devient chorégraphe notamment pour Régine Chopinot, le Centre national de danse contemporaine d’Angers, le Conservatoire national supérieur musique et danse de Lyon, et pour des compagnies résidant à Copenhague et Londres.
Parallèlement, Didier Deschamps se consacre à l’enseignement de la danse et intervient dans de nombreuses compagnies, à la Ménagerie de verre à Paris puis à l’étranger, avant d’être nommé en 1983, directeur des études du Centre national de danse contemporaine d’Angers, alors sous la direction de Viola Farber. De 1984 à 1990, il devient directeur du département des études chorégraphiques du Conservatoire National Supérieur de Musique et de Danse de Lyon.
Dès 1990, il rejoint l’administration ministérielle. Il est nommé Inspecteur général de la danse par Jack Lang en 1992, puis Délégué à la danse par Philippe Douste-Blazy en 1995, et enfin Conseiller pour la danse auprès de Dominique Wallon, alors directeur de la Musique, de la Danse, du Théâtre et des Spectacles (DMDTS), en 1998.
Le 1 er juillet 2000, il est nommé directeur du Centre chorégraphique national – Ballet de Lorraine, succédant ainsi à Pierre Lacotte qui dirigeait ce centre depuis 1991. Il est également nommé Chevalier de la Légion d’Honneur, officier dans l’Ordre national du Mérite, commandeur dans l’Ordre des Arts et des Lettres et membre correspondant de l’Académie des Beaux-Arts.
En 2016, il est désigné Personnalité de l’année par l’Association Nationale des Critiques.
En 2018, il reçoit le « Menada Award »et devient Doctor Honoris Causa de l’université de Skopje.
En juillet 2011, il est nommé à la direction du Théâtre National de Chaillot. Dans le même temps, le théâtre devient Chaillot – Théâtre national de la danse.
En janvier 2022, il prend la succession de Brigitte Lefèvre et est nommé Directeur artistique du Festival de Danse Cannes – Côte d’Azur France.